Recursos & Tutoriais
Scripts, tutoriais, conjuntos de dados e guias práticos para pesquisadores e profissionais da indústria química e farmacêutica.
Script Python completo para automação de docking molecular em lote. Suporta preparação de ligantes, geração de caixas de busca e análise estatística dos resultados. Compatível com AutoDock Vina 1.2+.
Tutorial passo a passo cobrindo otimização de geometria, cálculo de frequências, análise de orbitais moleculares e geração de superfícies de potencial eletrostático. Inclui arquivos de entrada de exemplo.
Guia completo de instalação e configuração do GROMACS em sistemas Linux/macOS. Cobre compilação com suporte a GPU (CUDA), campos de força AMBER e CHARMM, e análise de trajetórias com MDAnalysis.
Base de dados curada com 2.847 compostos testados contra a protease principal do SARS-CoV-2 (Mpro). Inclui valores de IC50, estruturas SMILES, descritores moleculares RDKit e fingerprints Morgan.
Workflow automatizado para cálculos de perturbação de energia livre relativa (RBFE) usando o pacote FEP+ da Schrödinger. Inclui scripts de preparação, submissão em cluster e análise de convergência.
Tutorial prático com PyTorch Geometric para construção de GNNs aplicadas à predição de solubilidade, toxicidade e atividade biológica. Código completo no GitHub com dataset de benchmark.
Referência prática do RDKit cobrindo manipulação de moléculas, cálculo de descritores, geração de fingerprints, visualização 2D/3D e integração com pandas e scikit-learn para modelos QSAR.
Biblioteca de 1.200 fragmentos moleculares filtrados pela Regra dos Três (MW ≤ 300, cLogP ≤ 3, HBD ≤ 3). Inclui estruturas 3D otimizadas por DFT/B3LYP/6-31G* e propriedades ADMET calculadas.
Tutorial avançado para simulação de IDPs usando o campo de força CALVADOS 2 no GROMACS. Cobre parametrização, análise de ensemble conformacional e comparação com dados de SAXS e NMR.
Softwares Cobertos
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